被人们称为“我国现代艺术的奠基人之一”、“划时代的中国画家”、“融合中西两大文化，贯通中西审美精神的巨匠”、“东方毕加索”、“整个20世纪中国美术界的精神领袖”——林风眠，抗战期间，在重庆居住6年之久。

1928年，在蔡元培的举荐下，林风眠南下杭州创办了杭州国立艺专，并任校长。1937年抗日战争爆发后，京沪相继沦陷，杭州艺专也向内地转移，先后迁往江西及湖南长沙等地。1938年，杭州艺院与北平艺专合并，改称“国立艺术专门学校”，校址迁至湖南沅陵，废校长制，改委员制，林风眠出任主任委员。（实为校长）后因西征迁校等种种问题，两校合并在艺术理念与实践上走的是不同的路子，再加人事关系纷争复杂，学校还未迁至重庆时矛盾已近白炽化状态。

经过一番风波，1939年，心灰意冷的林风眠离校后来到重庆，居住在南岸大佛寺地段一间破旧、简陋的农舍里，独居一晃就是六年多。前三年先生蜗居家中，每天面壁作画，以卖画为生，生活十分拮据。由于抗战期间物质的匮乏，购买油画颜料及画布都十分困难，林先生采用四川夹江宣纸作画，抛弃传统国画水墨及西画写实绘画。在水墨与油彩融合中，大胆吸取民间壁画、剪纸、年画、雕刻、皮影、泥塑之精华，将颜料与宣纸的碰撞，以改往日画风，将常用的长方形构图变为正方形构图，极力试图打破传统绘画程式。

在渝期间，孤独的他偶尔也上重庆市区或上沙坪坝中央大学美术系及国立艺专看望老朋友，来回五六十里的路程，都是步行，绝不坐车。因此，他从前的胃病，竟然不治自愈了。1942年潘天寿任国立美专校长后，应潘天寿多次之邀，再次聘任为盘溪国立艺专教授，每天出了任课时间外，林风眠一直过着半隐居的生活，一心一意地进行着远离画坛主流的孤独的艺术探索，像个苦行僧那样不问世事埋头绘画。即便在战乱期间，林风眠仍然坚持着艺术的非功利主义态度，仍然把艺术看作一种毕生追求的崇高目标，很少投入以艺术作宣传的活动，避开“照相式刻板与平俗”的写实主义，而是沿着既定的“融合中西”方向，在已经初拓的路径上探索“唯美”和“有力”的作品。

画家、教育家谢海燕先生在回忆录写到：1942年，我与潘天寿受聘任国立艺专之初，就打电话敦请教育部聘林风眠先生返校任教，以安定人心。来到抗战陪都重庆后，我和潘先生没有先去教育部报到，而是乘了滑竿去南岸弹子石专访风眠先生。

艺专在盘溪“黑院墙”办学期间，陈之佛、潘天寿两位先生在校执政的那段日子，同学们确也盼到了比较安定的学习生活，好些离去的老教授被请回来了，还增加一批年青的力量。他们来校不久，实行工作室制教学，整个盘溪国立艺专的风气还像林风眠时代的杭州艺专一样，思想比较自由，学习传统油画不是唯一，学生比较喜欢像吴大羽、林风眠后期印象派这一类的画法。林先生采用宽松的教学方法，不一定要你怎么做，他总让你自由发挥。那时候赵无极是他的助教，林先生非常朴实，一点架子都没有。林先生对学生讲，技术固然重要，但艺术家更重要的是崇高和宽广的心灵。在艺专的四年教学中，林先生多次提出：绘画的本质是绘画，无谓派别，无谓中西，应相互学习与借鉴。并提倡学生多读中西方历史、美学、诗歌之书。鼓励学生走出校门，到生活中去体验去吸取养料。

可以说国立艺专在盘溪办学，完成了中西结合艺术上的初期探索。林风眠在躲避日机轰炸而奔波于南岸与盘溪的四年教学中，虽身心疲惫，却对教学工作而精益求精，受其个人美学思想直接渗透与影响的当代画家有：潘天寿、李苦禅、吴大羽、赵无极、朱德群、吴冠中等人。